Développement d’un indice génétique lacustre basé sur les chironomidés et les oligochètes

Un indice biologique basé sur la structure des communautés de chironomidés et d'oligochètes a été développé pour évaluer la qualité biologique des sédiments dans les lacs et en particulier leur état trophique (degré d’oxygénation). Cependant, il est difficile et souvent impossible d'identifier les chironomidés et les oligochètes à l’espèce en se basant sur leur morphologie. Cet obstacle peut être surmonté en identifiant les chironomidés et les oligochètes à l'aide de codes-barres génétiques. 

Dans le cadre du projet Synaqua, nous avons développé un indice oligochètes moléculaire basé sur le séquençage à haut débit de spécimens marqués génétiquement pour évaluer la qualité biologique des sédiments des cours d’eau et des lacs. Cette approche moléculaire présente l'avantage de déterminer avec précision le nombre d’individus de chaque espèce présente dans un échantillon et est donc particulièrement bien adaptée pour l'évaluation de la qualité des milieux naturels. 

Le but de ce projet est de tester si l’approche développée dans le cadre du projet Synaqua pourrait être transposable aux chironomidés et de développer un indice lacustre basé sur le séquençage à haut débit de spécimens de chironomidés et d’oligochètes marqués génétiquement. En outre, une base de données des séquences de code-barres génétiques des chironomidés présents dans les lacs suisses sera initiée.

Publications

Lods-Crozet, B., Chevalley, P.-A. (2016) Evolution du zoobenthos profond du Léman, Rapp. Comm. int. prot. eaux Léman contre pollut., Campagne 2015, 132-141

Vivien, R., Apothéloz-Perret-Gentil, L., Pawlowski, J., Werner, I., Lafont, M., & Ferrari, B. J. D. (2020). High-throughput DNA barcoding of oligochaetes for abundance-based indices to assess the biological quality of sediments in streams and lakes. Scientific Reports, 10, 2041 (8 pp.). doi.org/10.1038/s41598-020-58703-2 , Institutional Repository