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Les produits chimiques susceptibles de s'accumuler dans les sédiments doivent être testés quant à leur toxicité pour les organismes bentiques dans le cadre du processus d'autorisation. Le Centre Ecotox collabore à la normalisation par l'OCDE du test de toxicité des sédiments avec l'amphipode Gammarus sp. qui est endémique aux rivières européennes.

Dans les zones militaires, le sol peut être contaminé par des munitions et des explosifs, ce qui conduit à des sites contaminés ayant un impact potentiel sur l'environnement.

Le Centre Ecotox est chargé par la Confédération d'établir des valeurs limites écotoxicologiques pour les produits phytosanitaires, mais seule une partie de ces valeurs est ensuite inscrite dans l'ordonnance sur la protection des eaux et devient donc juridiquement contraignante.