Biomarqueurs pour la surveillance de la qualité de l’eau à l’aide de la truite de rivière

Les biomarqueurs moléculaires peuvent être utilisés pour mieux comprendre les effets des polluants environnementaux sur les organismes, tant en laboratoire que sur le terrain. En mesurant l'expression de gènes sélectionnés, il est possible de détecter des effets (biomarqueur d'effet), qui ne conduisent pas directement à la mort de l'organisme, mais peuvent l'affecter à long terme, ou d'informer que l'organisme a été exposé à un certain polluant (biomarqueur d'exposition).

Dans un précédent projet, la sélection de gènes biomarqueurs pour la truite de rivière était basée sur des données publiées dans la littérature scientifique et des informations sur les principaux mécanismes d'action de pesticides pertinents. Le niveau d'expression a été mesuré par PCR quantitative à transcription inverse.

Dans ce projet, nous utiliserons la technologie RNA-Seq (séquençage à haut débit de l'ensemble du transcriptome) pour obtenir des informations plus globales et plus approfondies sur les réponses des gènes lorsque les truites juvéniles sont exposées aux pesticides ou à une augmentation de la température de l'eau, ou infectées par un parasite, qui entraîne la maladie rénale proliférative (MRP). Le niveau d'expression des gènes dans les tissus du cerveau et du foie des truites juvéniles sera étudié après exposition en laboratoire à (i) un mélange de pesticides pertinent pour la Suisse, (ii) une température de l'eau élevée (15°C) et (iii) une infection par le parasite (MRP). Des scénarios «  stresseurs multiples » sont également prévus. Les gènes les plus pertinents (par exemple, la réponse spécifique aux pesticides, la régulation à la hausse ou à la baisse du niveau d’expression par le stress thermique, etc.) feront partie d'un ensemble de gènes candidats pour la conception d'une puce à ADN (GeneChip), qui permet une analyse plus économique et plus rapide des biomarqueurs. Des expériences en laboratoire et sur le terrain seront menées pour valider cet outil prometteur.